Ambos significam preto, mas parece haver uma diferença de nuances - como praticamente sempre quando duas palavras diferentes significam (quase) a mesma coisa. Tenho a impressão de que Ater está mais na direção de "triste" e o níger é mais "malicioso" ou "sem brilho".
O que significa ATER?
Verbo. ATER. Para enviar, entregar.
O que é preto em latim clássico?
ATER, ATRA, ATRUM: Black (Dark) (ATRABILIOSO)